Zur Frühzeit der Geschichte der Synagoge der jüdischen Gemeinde Wonfurt gibt es keine verlässlichen Angaben. Nachdem aber bereits im 16. Jahrhundert auf eine Gemeinde geschlossen werden kann, dürfte auch eine Synagoge oder ein Betsaal vorhanden gewesen sein.
In welcher Beziehung die Synagoge des 19. Jahrhunderts (Hauptstraße 28f) zu eventuellen Vorgängerbauten steht, ist nicht bekannt. Da die Gemeinde seit dem 18. Jahrhundert konstant über 100 Mitglieder zählte. dürfte auch ein Lehrer, der auch als Kantor und Schochet amtierte, angestellt gewesen sein. Hier gibt es aber erst seit der Mitte des 19. Jahrhunderts Hinweise. Noch 1905 konnten die 62 Mitglieder der jüdischen Gemeinde mit dem Lehrer, Kantor und Schochet Einstädter darauf zählen, dass in der Synagoge jeden Tag ein Gottesdienst möglich war.
Das Datum der Auflösung der Gemeinde lag wahrscheinlich noch vor 1914. Zu einem nicht bekannten Datum wurden die Ritualien, ein Torawimpel und das Memorbuch von 1774, an die Synagoge in Haßfurt verbracht. Das Memorbuch kam 1934 an den Verband der Bayerischen Israelitischen Gemeinden in München.
Das ehemalige Synagogengebäude wurde zu einem Wohnhaus umgebaut.