Offiziell wurde das Kollegiatstift Laufen nicht aufgehoben, doch wurde aus dem Dechantshof 1806 ein Lazarett. Bereits 1796 war der Kirchenschatz von Franzosen verschleppt worden, was nach der Plünderung übrig blieb (Skulpturen, Gemälde, Reliquienaltärchen, liturgische Geräte, Paramente), wird heute in den ehemaligen Räumen der Laufener Schulschwestern aufbewahrt. Von den 1840er- bis in die 1970er-Jahre wieder mit Kanonikaten verbunden, ist das Kollegiatstift Laufen heute mit einem Stiftsdekan besetzt.