Mit der Orgel, die Balthasar Freiwiß 1752-1754 (Jahr der Vollendung auf dem Notenblatt des linken Puttos) unter Mitwirkung eines Irseer Konventualen, des als Komponist und Musiktheoretiker namhaften P.Meinrad Spieß (1683-1761) baute, besitzt Irsee eine der wenigen fast original erhaltenen Barockorgeln Schwabens. Sie gehört zur Gruppe der Fensterorgeln (auch in Weingarten, Diessen, Obermarchtal), d. h. der vierteilige Prospekt umrahmt das große, für die Belichtung wichtige Mittelfenster der Westfront. Beim Einbau der Orgel mußte dieses Fenster allerdings teilweise zugesetzt werden. Seitlich des Fensters sind Haupt- und Pedalwerk symmetrisch angeordnet; beide Hälften verklammert ein dreiteiliges Kronwerk, das sich über einer Uhr im Fensterscheitel erhebt. Hinzu tritt ein siebenteiliges Brustpositiv in der Emporenbrüstung.