Im Jahr 1232 befreite König Heinrich VII. das Nikolausspital in der nachmaligen Reichsstadt Schweinfurt von allen früheren Rechtsverpflichtungen und stellte es unter seinen besonderen Schutz. Im späteren 13. Jahrhundert gelangten das Spital und seine dem hl. Nikolaus geweihte Kirche an den Bischof von Würzburg. Im zweiten Drittel des 14. Jahrhunderts erwarb der Schweinfurter Bürger Peter Esel das am südwestlichen Rand der Reichsstadt außerhalb der Mauern gelegene Spital. Er wollte dort mit Unterstützung der Pämonstratenser von Veßra ein Chorherrenstift errichten. 1338 bereits las ein Weltpriester im Spital täglich Messe. Wegen des unzureichenden Bauplatzes verzichtete Peter Esel jedoch auf die Klostergründung. 1367 schließlich stiftete seine Witwe Kunigunde die ?Kapellen, die geweihet ist in der Ehren St. Nikolaus, gelegen in der Vorstadt zu Swinfurt?, dem Orden der Karmeliten zur Errichtung eines Klosters.

Sichtbares Zeichen dieses Neuanfanges war der Bau eines Chores, der 1405 geweiht wurde. Im Jahr 1427 errichtete man eine dem hl. Veit geweihte Kapelle. In diese Kapelle stiftete das Rittergeschlecht der Kratze eine Reliquie des hl. Veit. 1502 wurde ?die Kirche des Klosters auf Kosten der städtischen Cassa gewölbt; dahingegen der Boden zum Aufspeichern des Getraides dem Rathe zugestanden.? Aus dieser Umbruchszeit stammt der schlichte, mit einem Kelch und einer Inschrift gezierte Grabstein des 1523 verstorbenen Priors Georg Ofner, der sich im Chor von St. Johannis findet.

Mit der Annahme der Reformation in Schweinfurt endete 1542 die Geschichte des Karmelitenklosters. Der einzige noch im Kloster lebende Konventuale Johann Nestmann übergab dem Rat der Reichsstadt die Verwaltung der Liegenschaften. Während des Markgräflerkriegs 1553/54 diente das Anwesen als Geschützstellung und wurde dabei schwer beschädigt. 1560 erwarb der Rat die Gebäude, brach sie ab und legte auf dem Gelände den so genannten Alten Friedhof an, der bis 1874 in Benutzung war.

Dem Stadtchronisten Paul Rosa zufolge war St. Nikolaus am Ende des Mittelalters die zweite ?Hauptkirchen? von Schweinfurt und ?ein Stattlich, herrlich und Schön gebew, auch den halben theil nur gewelbt, mit einem schönen herrlichen Chor herein gegen der Stattwarts mit etlichen schönen Altärn, einem lustigen Creüzgang, ... , auch oben neben dem Chor eine schöne, wollautende Orgel und durchaus eine lustige und große, zierliche kirchen. ... Diese kirchen hatt oben inmitten des Tachs ein schön, lustig vndt zierlich thürnlein gehabt, darinnen ein klöcklein gehangen ist?.

(Erich Schneider)