An der Stelle des heutigen Weilers Salmannshofen auf einem kleinen Hügel bei Affaltern bestand vom Ende des 13. Jahrhunderts bis zum Jahr 1401 ein Kloster für Franziskanerinnen.
Der Stiftungsbrief des Klosters berichtet, dass Graf Ludwig von Oettingen am 23. Dezember 1282 den Schwestern von Hausen seine Lehen in Salmannshofen zum Zwecke einer neuen Klostergründung überließ. Über die erwähnte Niederlassung der Schwestern in Hausen, einem untergegangenen Ort bei Heretsried, ist nichts bekannt.
Das neu gegründete Kloster in Salmannshofen, eingerichtet in einem kleinen Bethaus neben der Kirche, stand unter dem Einfluss und der Leitung der Barfüßermönche in Augsburg. Die Pfarrkirche in Salmannshofen stammte angeblich aus dem Jahr 1262; ihr Patron war Johannes der Täufer. Bei der Kirche soll im 13. Jahrhundert für kurze Zeit eine Niederlassung der Augustiner aus Muttershofen bestanden haben, diese verließen aber den Ort wegen seiner abgeschiedenen Lage.
Im frühen 14. Jahrhundert scheint Salmannshofen eine größere Anziehungskraft gehabt zu haben. Die Zahl der Schwestern war zwar nie groß, doch es sind zahlreiche Schenkungen und Stiftungen belegt. So schenkte 1307 Ulrich von Wellenburg, bischöflicher Kämmerer zu Augsburg, sein Eigengut zu Affaltern an das Kloster. 1309 schenkte Heinrich der Schöne von Thürheim den Schwestern einen Wald. In dieser Zeit hat der Konvent wohl auch dieRegel des Drittens Ordens des hl. Franziskus angenommen. Die Terziarinnen standen fortan unter der Aufsicht der Straßburger Provinz. Ab der Mitte des 14. Jahrhunderts zeigten sich die ersten Verfallserscheinungen im Leben des Klosters. Besitz wurde verkauft und einige Schwestern zogen in das Martinskloster nach Augsburg.
Durch einen Brand wurde das Kloster um die Jahreswende 1400/01 zerstört und nicht wieder aufgebaut. Zu diesem Zeitpunkt zählte der Konvent nur noch vier Ordensfrauen. Diese traten in das Kloster der Benediktinerinnen in Holzen über. Die nunmehrigen Benediktinerinnen in Salmannshofen sollten auf Lebzeiten dort verbleiben. Nach dem Aussterben ihres Konvents wurde der Besitz von Salmannshofen mit Holzen vereinigt. Dies bestätigte Bischof Burkhard in einer Urkunde vom 23. August 1401. Salmannshofen gehörte dem Kloster Holzen noch 352 Jahre, bis es 1753 an das Domkapitel von Augsburg verkauft wurde.
Die ehemalige Klosterkirche St. Johannes in Salmannshofen erfuhr 1726 eine grundlegende Renovierung. Ihre Funktion als Pfarrkirche ging 1753 verloren. 1758 wurde das Gebäude mit dem über dem Chorraum stehenden Turm abgebrochen. Die Steine der Kirche fanden beim Bau des Pfarrhauses in Herbertshofen Verwendung.
(Alexandra Kohlberger)