Das Urkloster Münster wurde bereits im 8. Jahrhundert aus dem Familiengut der Agilolfinger von Herzog Odilo (gest. 748) oder Herzog Tassilo III. (reg. 742-788) gegründet. Es entstand etwa zeitgleich mit den Klöstern Niederaltaich und Metten. Diese Klöster am Rande des Bayerischen Waldes hatten die Aufgabe der Rodung des Gebiets.
Münster ging in den Ungarnstürmen des 10. Jahrhunderts unter. Die Säkularisierung des klösterlichen Guts durch Herzog Arnulf ?den Bösen? sorgte für die völlige Auflösung. Spätestens im 12. Jahrhundert wurde das Kloster jedoch mit Kanonikern wiederbelebt. Herzog Heinrich Jasomirgott siedelte hier im Jahr 1157 die Chorherren aus Metten an und gab das Kloster Metten den Benediktinern zurück. Das nunmehrige Stift nannte sich zur Unterscheidung von dem Mönchskloster Münchsmünster (monasterium monachorum) das Pfaffenmünster (monasterium clericorum). Bei den Stiftsherren des Pfaffenmünsters handelte sich um Weltgeistliche. Ihrer Gemeinschaft lag die so genannte Aachener Regel aus dem Jahr 816 zugrunde, die auf das Gebot der Armut verzichtete. Neben der Liturgie und der Seelsorge widmeten sich die Chorherrenstifte der Politik, dem herzoglichen Kanzleidienst und den Wissenschaften. Die Pröpste von Pfaffenmünster erhielten den Titel eines Herzoglichen Hofkaplans. Berühmtheit erlangte der Propst Wolfker von Ellenbrechtskirchen, später Bischof von Passau. Er vermittelte als Diplomat zwischen Kaiser und Papst und beauftragte den Minnesänger Walther von der Vogelweide, das Nibelungenlied aufzuzeichnen.
Bald nach der Gründung des Stifts wurde die romanische Stiftskirche und heutige Pfarrkirche St. Tiburtius errichtet, die einige Verwandtschaft mit der Straubinger Peterskirche aufweist. Auch die damalige Pfarrkirche St. Martin, heute Friedhofskirche, stammt aus jener Zeit. Das Patrozinium des römischen Märtyrers Tiburtius nimmt in Bayern eine Sonderstellung ein. Sein Kult fand abgesehen vom Straubinger Raum kaum Verbreitung.
1514 errichtete Propst Bernhard von Waldkirch das schlossartige Propsthaus mit spätgotischem Treppengiebeldach, den heutigen Pfarrhof. Dem Stift waren die vier Pfarreien Pfaffmünster, Ascha, Stallwang und Feldkirchen einverleibt. Zahlreiche Schenkungen in den folgenden Jahrhunderten mehrten den Besitz. Als Hofmarksherr besaß das Kollegiatstift die niedere Gerichtsbarkeit. Das Stiftskapitel war gefreit, der Propst durfte also an den Landtagen teilnehmen.
Da sich die Lehre Luthers in Straubing schnell durchsetzte und die Gäubodenstadt schon 1523 als ein Hauptzentrum der Reformation in Niederbayern galt, beschloss Herzog Albrecht V. die Chorherren von Pfaffenmünster nach Straubing zu übersiedeln. Er wollte so die religiöse Ausstrahlung und die besonders feierliche Pflege der Liturgie im Stift für die katholische Reform nutzen. Im Jahr 1581 konnte mit Genehmigung Papst Gregors VIII. das Stift trotz massiven Widerstands der damaligen Kanoniker an die Kirche St. Jakob in Straubing versetzt werden. Pfaffenmünster erhielt eine gut dotierte Vikarstelle, deren Besetzung dem Stiftskapitel zustand. Die vormalige Stiftskirche wurde modernisiert. Der Straubinger Chorherr Johann Bartholomäus Höller (gest. 1741) finanzierte die Ausmalung des Innenraums mit farbenfrohen Wand- und Deckenfresken des Rokokomalers Johann Adam Schöpf (1702-1772).
Im Rahmen der Säkularisation erfolgte 1803 die Aufhebung des Stifts St. Jakobus und St. Tiburtius zu Straubing. Die zum Stift gehörigen Besitzungen in Pfaffenmünster wurden dem königlichen Landgericht Straubing und dem Rentamt untergeordnet.
(Christine Riedl-Valder)