Für das Benediktinerkloster St. Peter am Madron ist keine Gründungsurkunde überliefert. Folgt man der Legende, so siedelten im 8. Jahrhundert Mönche aus St. Peter in Salzburg auf dem Petersberg bei Flintsbach. Das Kloster wurde jedoch im 10. Jahrhundert von den Ungarn zerstört. Um das Jahr 955 sollen drei Wessobrunner Mönche, die ebenfalls vor den Ungarn geflohen waren, St. Peter wieder errichtet haben. Mit Wessobrunn verbindet das Kloster am Madron das Patrozinium des hl. Petrus. Auch die Grafen von Neuburg-Falkenstein sollen sich schon an dieser zweiten Gründung beteiligt haben.
Die Ergebnisse archäologischer Grabungen zeigen, dass der Petersberg in der Bronzezeit besiedelt war. Für das Mittelalter beginnen die Besiedlungsspuren in der Karolingerzeit. Es ist bisher kein eindeutiger Beweis für die Existenz eines Klosters in dieser frühen Zeit erbracht. Schriftliche und archäologische Quellen weisen ins 12. Jahrhundert.
Die endgültige und gesicherte Stiftung des Klosters erfolgte im Jahr 1130 durch Graf Siboto von Falkenstein. Besiedelt wurde das Kloster von Mönchen aus Weihenstephan bei Freising. Die Besitzausstattung stammte zu großen Teilen aus der Machtsphäre der Falkensteiner in Auerburg, Falkenstein und Brannenburg. 1163 übertrug die Grafenfamilie ihr Eigenkloster dem Bistum Freising, behielt jedoch bis zum Untergang des Geschlechts die Vogtei.
Ende des 13. Jahrhunderts wurde St. Peter am Madron bei den Kämpfen zwischen Adolf von Nassau und Albrecht von Habsburg zerstört. Das Kloster wurde nicht wieder aufgebaut, blieb jedoch rechtlich als Titular-Propstei für einen der Freisinger Domherren erhalten. Ein bei der Kirche ansässiger Unterpropst betreute die Wallfahrt auf den Petersberg.
Zur Kirche gehörte nur ein winziger Seelsorgesprengel von vier Bauernhöfen. So war nach der Säkularisation 1803 ein Abbruch der Kirche schon vorgesehen, als es den umliegenden Bauern von Ast gelang, die Kirche durch Kauf zu retten. Ab 1826 ermöglichte dann die wieder erstarkende Wallfahrt eine Neuerrichtung der ?Expositur? und bis 1951 wohnte ein Priester auf dem Berg. Auch eine Schule wurde eröffnet und ein Gasthof für die Besucher. Restaurierungen, zuletzt 1972, und Instandhaltung garantieren den Bestand von Kirche und Propsteigebäude bis heute.
Seit 1997 ist das Kloster am Madron Gegenstand einer Lehr- und Forschungsgrabung des Instituts für Vor- und Frühgeschichte und Provinzialrömische Archäologie der Ludwig-Maximilians-Universität München.
(Laura Scherr)