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Max IV. Joseph, der ab 1799 als Erbe von Kurfürst Karl Theodor (1724–1799) sämtliche Wittelsbacher Lande regierte, war als Herrscher nicht zu beneiden. Seine linksrheinischen Gebiete waren von den Franzosen besetzt, in den Stammlanden standen über 100 000 Mann österreichisches Militär, das sich schnell in eine Annexionsarmee verwandeln konnte. Aufgrund dieser strategischen Lage war Max Joseph, der eine neutrale Haltung bevorzugt hätte, nicht in der Lage, sich der neuen anti-französischen Allianz zu verweigern. Napoleon, der im selben Jahr wie der bayerische Kurfürst als Erster Konsul an die Macht gelangt war, schlug die habsburgischen Truppen im folgenden Jahr bei Marengo in Oberitalien entscheidend.
Der französische General Moreau trug den Krieg wie schon 1796 nach Bayern. Er schlug die Österreicher unter anderem bei Höchstädt und Neuburg an der Donau. Nach einem kurzen Waffenstillstand kam es für die bayerische Armee zur Katastrophe. Zusammen mit ihrem österreichischen Verbündeten Erzherzog Karl erlitten sie bei Hohenlinden am 3. Dezember 1800 eine schwere Niederlage. Damit war der Zweite Koalitionskrieg endgültig zugunsten Frankreichs entschieden.
Für die bayerische Zivilbevölkerung brachten die Kampfhandlungen des Jahres 1800 größere Not als 1796. Bereits im Ersten Koalitionskrieg (1792–1797) standen große Volksheere, die die französische Republik durch Einführung der allgemeinen Wehrpflicht im Rahmen der „levée en masse“ aufgestellt hatte, auf bayerischem Boden. Aufgrund der großen Zahl der Soldaten und der improvisierten Mobilisierung der Verbände war eine Versorgung der Truppen durch eigene Mittel nicht möglich. Folglich wurden das gegnerische Territorium und dessen Bevölkerung von hohen Kontributionszahlungen und Plünderungen betroffen. Zwar war das gewaltsame Requirieren durchaus keine neue Erscheinung in Kriegen, doch stellte die nun viel größere Zahl an zu versorgenden Soldaten eine neue Dimension an Bedrohung für die Zivilbevölkerung dar. Außerdem forderten auch die verbündeten Österreicher von der bayerischen Bevölkerung Verpflegung.
Die hart bedrängten Menschen konnten erst aufatmen, als der Friede von Lunéville den Krieg am 9. Februar 1801 beendete.