Die Kirche wurde Pfarrkirche. Das Klostergut kam in Privatbesitz, die Gebäude in staatliche Hand. Bis 1862 waren Landgericht und Rentamt in den Gebäuden untergebracht, später zogen dort u.a. eine Schule, das Forstamt und das Pfarramt ein. 1982 zogen Prämonstratenser der Abtei Windberg nach Roggenburg. 1986 wurde das Kloster wieder offiziell errichtet. Seit 1992 steht Roggenburg im Rang eines Priorats der Abtei Windberg. Die Prämonstratenser betreiben in Roggenburg neben Klosterladen und Gasthof vor allem ein Bildungszentrum für Familie, Umwelt und Kultur.