Die Keimzelle des Franziskanerklosters in Kelheim bildete eine Klause beim sog. Bruderloch (heute Klösterl) im Trauntal oberhalb der Stadt. Die Einsiedelei war um 1450 von einem Terziaren des hl. Franziskus errichtet worden. Nachdem der Eremit das Trauntal wenige Jahre später wieder verlassen hatte, erlangte Herzog Albrecht III. von Bayern-München 1459 die päpstliche Genehmigung zur Errichtung eines Franziskanerklosters.
Die Minderbrüder sahen ihre Aufgabe in der Predigttätigkeit zum Nutzen und zur Erbauung inmitten des Volkes. Deshalb suchte der Orden bald nach einer weniger abgeschiedenen Wirkungsstätte. Mit Zustimmung der Herzöge Sigmund und Johann IV. von Bayern-München ließen sich die Franziskaner 1461 in Kelheim nieder. Der Einzug der Bettelmönche in der Stadt stieß freilich auf den erbitterten Widerstand des Ortsgeistlichen. Im Jahr 1465 erwirkte der Stadtpfarrer sogar Kirchenstrafen gegen alle am Klosterbau beteiligten Handwerker. Zeitweilig mussten die Mönche wegen Beeinträchtigung der pfarrlichen Rechte sogar die Stadt verlassen. Erst durch die Vermittlung des Abts der Zisterzienser von Waldsassen konnte eine Einigung erzielt werden.
Am 30. September 1471 bezogen die Franziskaner, vier Patres und zwei Laienbrüder, ihr neues Kloster am Fuße des Michelsberges in Kelheim. Die Kirche Mariae Himmelfahrt wurde erst 1506 vollendet. Sie war ein schlichter Sakralbau im typischen Stil des Bettelordens mit einer Flachdecke im Langhaus. Der Chorraum aus der Zeit um 1490 zeigt freilich ein fein gegliedertes Netzrippengewölbe und spätgotische Wandmalereien mit der Darstellung des Jüngsten Gerichts.
Schwere Schäden für das Kloster brachte der Dreißigjährige Krieg. Im November 1633 wurde die Niederlassung von Truppen des Herzogs Bernhard von Weimar vollständig ausgeplündert und verwüstet, der Konvent musste fliehen. Nachdem Kelheim 1634 von dem kurbayerischen General Johann von Aldringen zurückerobert worden war, erfolgte die Restaurierung des Klosters. Im Januar 1636 konnten zunächst drei Mönche die Klostergebäude wieder beziehen. Am 29. September 1641 weihte der Regensburger Bischof Albert von Törring die neu errichtete Klosterkirche.
Der Konvent in Kelheim entwickelte sich in den folgenden Jahrzehnten wiederum zu einem regionalen Zentrum franziskanischen Lebens. Die rege Kunstpflege zu Beginn des 18. Jahrhunderts war Ausdruck neuen Selbstbewusstseins: Mit der barocken Ausgestaltung der Klosterkirche beauftragte man herausragende Künstler wie Johann Gebhard aus Prüfening; er schuf 1711 das Hochaltarblatt und weitere Ölgemälde. Das Kloster beherbergte eines der sechs Noviziate für die Ausbildung des Ordensnachwuchses in der bayerischen Reformaten-Provinz. 1762 erreichte der Kelheimer Konvent mit einundzwanzig Patres, sieben Klerikern, fünf Laienbrüdern und zwei Terziaren seinen höchsten Personalstand.
Am 25. Januar 1802 erging das Aufhebungsdekret für alle Klöster des Franziskanerordens im Kurfürstentum Bayern. Wenig später trafen schon Mitbrüder aus Landshut ein. Kelheim sollte vorerst als ein Zentralkloster des Ordens erhalten bleiben. Doch am 22. August 1802 mussten die Mönche unter der Aufsicht des Landrichters Peter von Welz ihre Wirkungsstätte verlassen und zogen nach Ingolstadt. Die Klosterkirche, der Konventbau sowie die Ökonomiegebäude mit Brauhaus und Meierhof, kamen in Privatbesitz.
Am 27. Oktober 1845 erwarb die Stadt Kelheim die ehemalige Klosterkirche um 3400 Gulden. Nach einer umfassenden Restaurierung konnte im Jahr 1878 wieder Gottesdienst gehalten werden. 1881 ging das Kirchengebäude in das Eigentum der katholischen Pfarrkirchenstiftung über. In der Kirche und im Obergeschoss des Kreuzgangs befindet sich heute unter dem Motto Dreiklang: Gotteshaus Konzertsaal Orgelmuseum eine Sammlung von Denkmalorgeln.
(Manfred Knedlik)