Sohn von Kurfürst Philipp dem Aufrichtigen von der Pfalz und Margarete von Bayern-Landshut; Bruder unter anderem von Ludwig V. dem Friedfertigen von der Pfalz und Philipp, Bischof von Freising und Administrator von Naumburg.
Johann wurde schon als Kind mit Kanonikaten an den Domstiften von Passau, Straßburg und Würzburg versehen. Im Alter von neunzehn Jahren wurde er Administrator des Bistums Regensburg, lehnte aber den Empfang der höheren Weihen ab. Durch zwei Diözesanverordnungen beteiligte er sich an der Vertreibung der Juden 1519 aus Regensburg.
Aufgrund der strengen Hausmachtpolitik des Kurfürsten Philipp von der Pfalz war dessen Sohn Johann von Kindheit an für den geistlichen Stand bestimmt. Johann hatte daher schon früh Kanonikate an den Domstiften von Passau, Straßburg und Würzburg sowie die Abtei Klingenmünster erhalten. Im Jahr 1507 wurde der 19-jährige Johann vom Regensburger Domkapitel zum Nachfolger seines verstorbenen Vetters, dem Bischof Rupert (v. Simmern-Sponheim), benannt. Vom Papst wurde diese Wahl durch eine Bulle bestätigt, jedoch mit dem Zusatz, dass Johann im Alter von 27 Jahren die Bischofsweihe vorzeitig empfangen solle. Doch Johann, dem ein theologisches Studium sowie ein tieferes Verständnis kirchlicher Angelegenheiten fehlte, lehnte den Empfang der höheren Weihen ab und blieb dauerhaft "nur" Bistumsverwalter (Administrator).
Als Johann nach Regensburg kam, war sein Sprengel gezeichnet von den Verheerungen des Landshuter Erbfolgekriegs (1504/05). Während revolutionärer Umtriebe 1511 bis 1513, die durch die Aufstellung eines neuen Reichshauptmannes veranlasst worden waren, versuchte Johann vermittelnd einzugreifen. Aber mit seinen Diözesanverordnungen von 1512 und 1518 gegen das "wucherische" Zinsnehmen der Juden beteiligte sich Johann an einer antijüdischen Kampagne, die vor allem durch seinen Domprediger Balthasar Hubmair betrieben wurde und 1519 zur Vertreibung der Juden durch den Rat der Stadt Regensburg führte. Auf den Fundamenten der zerstörten Synagoge wurde die Wallfahrtskirche zur "Schönen Maria" errichtet, deren Massenwallfahrt schon bald hohe Einkünfte einbrachte. Als die Reichsstadt sowohl diese Einnahmen besteuern als auch die Steuerfreiheit des Klerus überhaupt aufheben wollte, konnte Johann mit Unterstützung seiner pfälzisch- und bayerisch-wittelsbachischen Verwandten einen Vertrag aushandeln, in dem eine jährliche Abgabe von 200 Gulden anstelle regelmäßiger Steuererhebungen vereinbart wurde.
Johann konnte in Regensburg zeitlebens die Reformation verhindern, während seine Versuche einer innerkirchlichen Reform eher unbedeutend waren: In einem Dekret von 1512 setzte er Strafen für zu kostspielige Primizfeiern fest und in einem Mandat von 1531 verurteilte er heftig die Missstände der priesterlichen Lebensführung.
Seit 1535 verhandelte Johann mit den Domherren über seinen Rückzug aus dem Amt des Administrators des Bistums Regensburg. Da Johann jedoch zu hohe Pensionsforderungen stellte, gleichzeitig aber dem Hochstift eine persönliche Schuldenlast von 30.000 Gulden aufgebürdet hatte, kam man zu keiner Einigung.
Johann wurde schon als Kind mit Kanonikaten an den Domstiften von Passau, Straßburg und Würzburg versehen. Im Alter von neunzehn Jahren wurde er Administrator des Bistums Regensburg, lehnte aber den Empfang der höheren Weihen ab. Durch zwei Diözesanverordnungen beteiligte er sich an der Vertreibung der Juden 1519 aus Regensburg.
Aufgrund der strengen Hausmachtpolitik des Kurfürsten Philipp von der Pfalz war dessen Sohn Johann von Kindheit an für den geistlichen Stand bestimmt. Johann hatte daher schon früh Kanonikate an den Domstiften von Passau, Straßburg und Würzburg sowie die Abtei Klingenmünster erhalten. Im Jahr 1507 wurde der 19-jährige Johann vom Regensburger Domkapitel zum Nachfolger seines verstorbenen Vetters, dem Bischof Rupert (v. Simmern-Sponheim), benannt. Vom Papst wurde diese Wahl durch eine Bulle bestätigt, jedoch mit dem Zusatz, dass Johann im Alter von 27 Jahren die Bischofsweihe vorzeitig empfangen solle. Doch Johann, dem ein theologisches Studium sowie ein tieferes Verständnis kirchlicher Angelegenheiten fehlte, lehnte den Empfang der höheren Weihen ab und blieb dauerhaft "nur" Bistumsverwalter (Administrator).
Als Johann nach Regensburg kam, war sein Sprengel gezeichnet von den Verheerungen des Landshuter Erbfolgekriegs (1504/05). Während revolutionärer Umtriebe 1511 bis 1513, die durch die Aufstellung eines neuen Reichshauptmannes veranlasst worden waren, versuchte Johann vermittelnd einzugreifen. Aber mit seinen Diözesanverordnungen von 1512 und 1518 gegen das "wucherische" Zinsnehmen der Juden beteiligte sich Johann an einer antijüdischen Kampagne, die vor allem durch seinen Domprediger Balthasar Hubmair betrieben wurde und 1519 zur Vertreibung der Juden durch den Rat der Stadt Regensburg führte. Auf den Fundamenten der zerstörten Synagoge wurde die Wallfahrtskirche zur "Schönen Maria" errichtet, deren Massenwallfahrt schon bald hohe Einkünfte einbrachte. Als die Reichsstadt sowohl diese Einnahmen besteuern als auch die Steuerfreiheit des Klerus überhaupt aufheben wollte, konnte Johann mit Unterstützung seiner pfälzisch- und bayerisch-wittelsbachischen Verwandten einen Vertrag aushandeln, in dem eine jährliche Abgabe von 200 Gulden anstelle regelmäßiger Steuererhebungen vereinbart wurde.
Johann konnte in Regensburg zeitlebens die Reformation verhindern, während seine Versuche einer innerkirchlichen Reform eher unbedeutend waren: In einem Dekret von 1512 setzte er Strafen für zu kostspielige Primizfeiern fest und in einem Mandat von 1531 verurteilte er heftig die Missstände der priesterlichen Lebensführung.
Seit 1535 verhandelte Johann mit den Domherren über seinen Rückzug aus dem Amt des Administrators des Bistums Regensburg. Da Johann jedoch zu hohe Pensionsforderungen stellte, gleichzeitig aber dem Hochstift eine persönliche Schuldenlast von 30.000 Gulden aufgebürdet hatte, kam man zu keiner Einigung.